任務（Missions）是指《全境封鎖》中各種指派予特工的工作，一般分為故事任務、支線任務以及隨機遭遇任務。另外於更新 1.1：襲擊當中新增了每日任務和每周任務以供特工們取得各式獎勵。
任務可分為三大類: 醫療，科技和防禦。
這些任務記載於特工的任務日誌中，玩家可以透過完成這些任務來解鎖行動基地中的技能。目前至少有15個主要戰役任務和15個支線任務，有些更可通過免費或付費下載內容進行添加。
故事任務[]
故事任務是指《全境封鎖》當中的故事主線，當中主要存在於曼克頓中，每一個主線任務皆會觸發某些情節。指派予特工的故事任務可分為三大類: 醫療任務，科技任務和防禦任務。詳細分類請參看故事任務。
支線任務[]
支線任務是另一類的任務，為非主線故事的相關任務，完成後可獲得經驗值等。支線任務可以透過各區域的安全藏身處的各位聯合作戰部隊軍官中解鎖，然後就可以在地圖上看到。詳情請參閱支線任務。
遭遇任務[]
遭遇任務遍佈於地圖每一個區域的各處，可以於各個安全藏身處的情勢概況板中解鎖，然後就可以在地圖上看到。主要為各位特工提供行動基地各支部升級用之支部補給品。詳情請參閱遭遇任務。
襲擊任務[]
襲擊任務是《全境封鎖》DLC中的追加任務。只有等級30以及解開全主線任務之特工才可以進入，主要提供強力裝備組之裝備。詳看襲擊任務。
每日任務[]
每日任務由國土戰略局於港台時間每天早上08:00指派3項事宜予各特工，任務為非強制性的，但任務時限只有24小時。各位特工可以選擇放棄或執行以賺取更多獎勵。詳情請參閱每日任務。